法莫替丁、奥美拉唑主要区别在于抑酸效果不同，虽然二者均属于抑酸药，但法莫替丁属于H2受体拮抗剂，奥美拉唑是一种抑制胃酸分泌的药物，药理中将其称为质子泵抑制剂，其功效主要是抑制胃酸分泌，抑制作用靶点或者作用机制是抑制钠、钾和氢离子的ATP酶功效，减少胃酸分泌，就不会感觉烧心、反酸症状。主要用于胃肠的十二指肠溃疡或者胃酸分泌过多。另外，较重要作用是和其它药物，比如克拉霉素、铋制剂几种药物联合有抗幽门螺杆菌。幽门螺杆菌是胃肠道产生的一种不好的细菌，如果有细菌会出现胃部不适。所以奥美拉唑和其它药物联合有根除幽门螺杆菌的作用，这是其较重要的作用。

对于反流性食管炎、反酸、烧心较严重的患者，首选奥美拉唑，因为强烈的抑酸作用，可使患者症状较快缓解，但法莫替丁对于凌晨时突然出现反酸，甚至产生饥饿感的症状具有一定疗效，此时使用奥美拉唑效果较差，可于睡前加用一颗法莫替丁，帮助缓解症状。但是应注意长期服用抑酸药，对机体不利，应在医生指导下合理用药。